孕产,微生物和心理健康

能否更好地了解肠道健康,才能提供有关母婴健康的见解? 弗吉尼亚大学数据科学总统研究员Caitlin Dreisbach和Caroline Kelsey正在研究肠道微生物组,怀孕期间的焦虑和抑郁以及随后的母婴之间的相互作用。 在对母体和儿童微生物组样本的评估中,Dreisbach和Kelsey正在研究微生物群落对婴儿社会神经发育的纵向影响,包括依恋和情绪反应。 母亲,婴儿,微生物组和精神卫生总统研究员项目还包括在弗吉尼亚大学卫生系统扩建正在进行的生物库。 德赖斯巴赫说:“科学和医疗保健领域的未来创新将严重依赖那些能够简洁,专业地分析大量数据以解决多因素研究问题的人。” “作为注册护士,我与母亲和孩子们密切合作,可以看到理论思维,基准科学和实际应用之间的直接联系。” 该研究项目正在探索将数据科学与医疗保健相结合的新领域,并试图了解婴儿发育的复杂性以及通过妊娠和产后母亲心理健康的转变。 Dreisbach和Kelsey与UVA护理学院的教师Jeanne Alhusen和UVA艺术与科学学院心理学系的Tobias Grossman合作。 该项目的跨学科方法将生成首个数据集,从而可以对影响母婴心理健康的因素进行全面而新颖的分析。 它汇集了心理学系UVA Babylab和护理学院的研究人员,以研究肠道微生物组如何预测母亲及其婴儿的母亲内在症状水平和威胁偏见。 “我(一名发展心理学家)与凯特琳(Caitlin)博士之间的这种伙伴关系 考取数据科学理学硕士学位的护理候选人对于解决大脑和身体如何相互作用的重要问题至关重要,但是由于大学基础设施的原因,这种配对非常罕见。”凯尔西说。 “总统研究员项目通过数据科学研究所提供的机会使我们能够跨越这些合作障碍,开展新的,引人注目的跨学科研究。”…

从与健康相关的社交媒体帖子中学习:问答

医师Sidhartha Sinha审查了在线患者论坛和其他在线资源,以了解治疗副作用,患者对预防性筛查的看法等。 珍妮弗·胡伯(Jennifer Huber) 每秒大约发送6,000条推文,而这些推文并非全部与名人有关。 关于健康或疾病的帖子对卫生保健专业人员而言非常宝贵,使他们能够跟踪趋势,发现流行病并评估卫生机构提供的服务质量,仅举几个例子。 但是研究人员如何理解这种大量的数据呢? 为了找出答案,我与斯坦福大学医学助理教授西达莎·辛哈(Sidhartha Sinha)进行了交谈,他分析了社交媒体帖子,以更好地理解患者和社会的看法。 是什么激发了您对在线数据的兴趣? 尽管处理来自社交媒体和在线患者论坛等来源的非结构化数据当然存在弊端,但也具有巨大的优势,包括我们可以覆盖的患者范围。 例如,在我们目前的工作中,分析来自炎性肠病患者的在线患者论坛中的数据,我们能够访问来自IBD患者的数以万计的帖子。 这些患者围绕他们的疾病经历描述了各种各样的问题,例如他们的治疗副作用(其中一些以前未见过,可能会提供早期见解),慢性疾病的社会心理问题以及有关治疗和干预措施的意见。 通过分析这些数据,我们实际上是在聆听这些患者的经验,并希望获得见解,以更好地治疗该疾病。 我了解您还使用在线数据来更好地了解公众情绪-您能形容一下吗? 卫生保健提供者要做的最重要的事情之一就是试图预防疾病。 最好的方法之一就是通过疾病筛查。 但是,数百万人没有针对年龄进行筛查,例如乳腺癌或结肠癌。…

是时候和索科托说再见,回到阿布贾了

在索科托州进行疫苗接种运动时,我吸取了很多教训。 这是一次了不起的学习经历,我们为支持该倡议者的当地合作伙伴和国际社会所做的出色工作感到很荣幸。 挨家挨户步行和为儿童接种疫苗非常困难。 我们有一个提供后勤和支持的机构系统,但是我在当地看到的所有实际工作都是由组成当地疫苗接种小组的当地妇女完成的,因为只有她们才能进入人们的家。 作为Polio Data Manager,我的角色是从本地层面确定挑战。 我的主要收获来自看基层的数据收集系统。 在阿布贾,我们只能在Excel表中看到汇总数据。 但是,在Sokoto,神奇的地方就始于当VCM(志愿者社区动员者)将数据手动输入他们的纸质寄存器时。 然后,将这些数据汇总并通过ODK(Open Data Kit应用程序)发送到ONA数据库。 该系统运行非常高效,并且肯定可以揭示其他程序的良好实践。 我现在的重点是寄存器,以及VCM如何在现场输入数据。 有两个需要考虑的挑战:如何设计寄存器本身以使其更容易输入数据并使其具有防错性,以及如何直接从寄存器中数字化数据,因此我们可以使错误点和交叉参考数据之一成为宝石。直接来自归档而不是来自汇总的Excel工作表。 在这种情况下,我们不得不拒绝在本地一级输入电子数据的想法。 尽管从技术上讲这是可行的-我们可以在所有20,000个VCM上部署手机,并培训他们在将来的疫苗接种运动中使用这些手机进行数据输入-在尼日利亚的许多地区,目前尚无法操作。…

我们只能连接我们收集的点

辉瑞公司正在从阿尔茨海默氏病和帕金森氏病中重新分配预算的消息值得一提。 这可能是明智之举。 老年患者慢性代谢紊乱的复杂性以及硬脑膜中隐藏的神秘淋巴系统的潜在发现,应表明,要摆脱单一疗法的“创新”。 我知道很多同事和有科学见识的人都在焦急地等待着他们可以从今天开始服用的药物,以免他们在暮色岁月中患上阿尔茨海默氏病。 预防的信息推动了许多药物的开发,尽管中等程度的症状缓解策略已经以某种方式被挤出FDA,但我们现在可以做些事情。 当然,我们正在学习如何分析来自外部临床试验的数据,也许最精通数据的人不愿传播利润率较低和“科学性”较低的声明-我们应该引起注意。 “在考虑了危险因素之间的非独立性之后,全世界约有三分之一的阿尔茨海默氏病病例可能归因于潜在的可改变的危险因素。 可以通过改善受教育的机会并使用有效的方法来降低阿尔茨海默氏病的发病率,这些方法旨在减少血管危险因素(例如,缺乏运动,吸烟,中年高血压,中年肥胖和糖尿病)和抑郁症的患病率。” —《柳叶刀》神经病学第13卷,第8期,2014年8月 对抗痴呆症的最佳防御方法可能是轻快步行。 为什么我们没有听到药物炒作之外的预防措施? 体育锻炼是对痴呆症和脑部衰老的预防或疾病治疗方法,任何有关蓝区的书籍或文章都应与小分子疗法的认真努力一并撰写。 “现在,我们已经从生物学系统和人类社会系统中收集了这些新的多峰数据,并且在我们有了假设之前就已经收集了这些数据。”数据杂乱无章,多维度地存在,等待查询,但是当科学方法被颠覆时,人们怎么知道要问什么问题呢? — 大科学数据的数学形态 *“我们只能将收集的点连接起来” —阿曼达·帕尔默(Amanda Palmer)

呼吸英国

一个研究小组如何收集有关过敏症状的数据 人们的感觉得分为“感觉良好”,“马马虎虎”和“感觉不好”,得分分别为0、1和2。 使用的抗组胺药处方数据仅显示每月处方的项目数。 通过这些数据集,我们可以看到它们在2016年的表现。图2显示了英国呼吸数据(每月平均得分)与每月开出的抗组胺药数量的关系图。 如您所见,这里有很好的协议。 这似乎不太令人惊讶,但它表明通过移动应用程序收集症状数据的方法显示出了希望。 在我以前的一些博客文章中,我讨论了如何通过将数据集与其他相关数据集合并来扩展和增强数据集。 对于数据集而言,所需要做的只是共享一个公共密钥,在上述两个情况下,它就是日期。 除了这些数据集之外,还有其他可以添加额外维度的数据集。 在Avacta动物健康中心(我工作的地方),我们可以访问明显相关的Met办公室花粉数据(由Worchester大学的国家花粉和空气生物学研究组测量[3] )。 我们拥有的数据分布在14个不同的站点,7年和12种不同的过敏原(包括树木,草和杂草)中。 为了与不列颠呼吸数据进行比较,该花粉数据是所有站点的平均花粉数据,仅限于2016年,并且每个月计算出所有过敏原的花粉总量。 图3显示了结果。 显然,正如预期的那样,这三个趋势都遵循相同的趋势。 不能从像这样的简单情节中推断出与它们相关的确切因果机制,但明智的猜测是花粉(绿线)引起症状(红线),从而导致人们去看他们的全科医生,处方(蓝线)。 这些趋势不足为奇,但是很好地演示了采用3个完全不同的数据集(人们的主观感受,客观处方数据和空气中花粉的物理测量值),并通过共享的时间戳信息将它们链接在一起。 但是,这有什么能告诉我们有关四足朋友的信息吗?…

美国国立卫生研究院在生物医学研究中的大数据观察

我在美国国立卫生研究院(NIH)从事生物和生物医学领域的研究已有7年以上。 我的本科学位也属于这一领域,因此与该系列中我最近发表的其他其他博客文章(例如,有关FinTech的文章)相比,我可以在这里提供更直接的观察和体验。 但是,在深入探讨之前,我将提供一些有关我在哪里工作以及我的组织如何运作的背景信息,以期为我所面临的挑战提供一些背景信息。 最后,我将尝试将我在将NIH的大数据用于其他组织和学科方面所遇到的一些经验教训和挑战。 根据维基百科,NIH是“世界上最大的生物医学研究机构”。 它有两种主要的方式代表政府进行基础研究和临床研究:(1)直接通过所谓的“内部研究”进行,这主要是在马里兰州贝塞斯达市NIH主校区的实验室进行的; (2)通过所谓的“外部”研究间接进行,该研究在全球实验室中进行,由NIH通过研究补助金,合同和其他类型的协议提供资金。 NIH 320亿美元的年度预算中,有80%以上用于资助和监督校外研究。 NIH是卫生与公共服务部的一部分,该部由11个运营部门组成,主要负责与医疗保健相关的某些领域。 这些机构包括疾病控制和预防中心(CDC),该中心有助于教育公众有关疾病的知识,并被要求应对公共卫生紧急情况; 美国食品药品监督管理局(FDA)对适用于健康的产品进行监管; 实施各种联邦计划的医疗保险和医疗补助服务中心(CMS),包括所谓的“奥巴马医保”计划; 以及其他为该国特定人口或需求服务的人。 这些组织共同组成了美国公共卫生服务局。 除了获得NIH资助或合同的成千上万的组织和成千上万的研究人员之外,NIH还在全球范围内定期与许多其他团体进行互动,以支持其使命“寻求有关生命系统的本质和行为的基础知识”。这些团体包括国际组织,例如世界卫生组织,制药公司,其他国家的健康相关研究与服务组织,以及无数的非营利组织。关注特定疾病或公共卫生问题的基金会。 最后,美国国立卫生研究院还通过各种计划与美国公民直接互动,包括临床试验和大型研究工作,例如“所有我们”计划,这是奥巴马总统精密医学计划的一部分,该计划正在对100万名志愿者的基因组进行测序。科学的利益。 我提到所有这些都是为了使人们了解NIH正在进行的活动的广度和规模-其中大多数活动都为研究目的而生成数据。…